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Thème de recherche
Activités / CV
2022 Université Lyon 1 Claude Bernard. Laboratoire Sciences, Société, Historicité, Éducation et Pratiques (S2HEP).
2016 Habilitation à Diriger des Recherches (HDR).
2007-2022 Ecole Normale Supérieure de Lyon. Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL).
2003-2006 Ecole Normale Supérieure de Lyon. Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC).
1997-2003 Université Lyon 1 Claude Bernard. Centre de Génétique Moléculaire et Cellulaire (CGMC).
1997 Maître de conférences, section 65, Université Lyon 1 Claude Bernard.
1995-1997 Chercheur associé. Département de génétique. Université de Leicester (R-U).
1990-1994 Chercheur-enseignant doctorant. Institut de Biologie Animale Intégrative et Cellulaire (IBAIC). Université Paris XI Orsay.
Corps
PUBLICATIONS (sélection)
(ORCID: 0000-0002-6500-1931) * auteur correspondant
Articles originaux
- Vargas-Lowman A., Armisen D., Floriano C., Cordeiro I., Viala S., Bouchet M., Bernard M., Le Bouquin A., Santos E., Berlioz-Barbier A., Salvador A., Moreira F., Bonneton F.* and Khila A. *. Co-option of the pteridine biosynthesis pathway underlies the diversification of embryonic colours in water striders. Proc Natl Acad Sci U S A., 2019, 116(38):19046-19054.
- Armisen, D., et al. The genome of the water strider Gerris buenoi reveals expansions of gene repertoires associated with adaptations to life on the water. BMC Genomics, 2018, 19 :83
- D. Gouveia, F. Bonneton, C. Almunia, J. Armengaud, H. Quéau, D. Degli-Esposti, O. Geffard, A. Chaumot. Identification, expression, and endocrine-disruption of three ecdysone-responsive genes in the sentinel species Gammarus fossarum. Scientific Reports, 2018, 8 : 379
- Markov G.V., Guttierez-Mazariegos J., Pitrat D., Billas, I.M.L., Bonneton F., Moras D., Hasserodt J., Lecointre G. and Laudet V. Origin of and ancient hormone/receptor couple revealed by resurrection of an ancestral estrogen. Science Advances, 2017, 3 : e1601778 (reviewed by Mol. Biol. Evol.)
- Li L., Bonneton F., Tohme M., Bernard L., Chen XY. and Laudet V. In Vivo Screening Using Transgenic Zebrafish Embryos Reveals New Effects of HDAC Inhibitors Trichostatin A and Valproic Acid on Organogenesis. PLoS One, 2016, 11(2):e0149497.
- Chaumot A., Da Lage J-L., Maestro O., Martin D., Iwema T., Brunet F., Belles X., Laudet V. and Bonneton F.*, Molecular adaptation and resilience of the insect’s nuclear receptor USP. BMC Evolutionary Biology, 2012, 12 (1) :199. (reviewed by Mol. Biol. Evol.)
- Iwema T., Chaumot A., Studer R.A., Robinson-Rechavi M., Billas I.M.L, Moras D., Laudet V. and Bonneton F.* Structural and Evolutionary innovation of the heterodimerisation interface between USP and the Ecdysone Receptor ECR in insects. Molecular Biology and Evolution, 2009, 26(4) : 753-768. (reviewed by PlOS Genetics)
- Tribolium Genome Sequencing Consortium. The genome of the model beetle and pest Tribolium castaneum. Nature, 2008, 452 : 949-955.
- Bonneton F.*, Chaumot A. and Laudet V. Annotation of Tribolium nuclear receptors reveals an evolutionary overacceleration of a network controlling the ecdysone cascade. Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2008, 38 : 416-42
- Iwema T., Billas I.M.L, Beck Y., Bonneton F., Nierengarten H., Chaumot A., Richards G., Laudet V. and Moras D. Structural and functional characterization of a novel type of ligand-independent RXR-USP. EMBO Journal, 2007, 26(16):3770-82. (Editors' choice, E. M. Adler, Science's STK, 2007 :tw312)
- Bonneton F*., Brunet F.G., Kathirithamby J. and Laudet V. The rapid divergence of the ecdysone receptor is a synapomorphy for Mecopterida that clarifies the Strepsiptera problem. Insect Molecular Biology, 2006, 15(3) : 351- 362. (reviewed by Mol. Biol. Evol.)
- Bonneton F*., Zelus D., Iwema T., Robinson-Rechavi M. and Laudet V. Rapid divergence of the ecdysone receptor in Diptera and Lepidoptera suggests coevolution between ECR and USP-RXR. Molecular Biology and Evolution, 2003, 20(4): 541-553.
Articles de revue
- Li L., Bonneton F., Chen XY. and Laudet V, Botanical compounds and their regulation of nuclear receptor action: the case of traditional Chinese medicine. Molecular and Cellular Endocrinology, 2015, 401 : 221-237.
- Hill R.J., Billas I.M.L, Bonneton F., Graham L.D. and Lawrence M.C., Ecdysone Receptors : From the Ashburner Model to Structural Biology. Annual Review of Entomology, 2013, 58 : 251-271.
- Bonneton F.* Quand Tribolium complémente la génétique de la drosophile. Médecine/Sciences, 2010, 26 :297-30
- Bonneton F.* The beetle by the name of Tribolium. Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2008, 38 : 377-379.
- Bonneton F.* Divergence évolutive extrême d'un gène homéotique: le cas bicoid. Médecine/Sciences, 2003, 19(12): 1265-1270.
- Markov G., Bonneton F., Lecointre G., Laudet V. L’évolution des hormones stéroïdes de vertébrés élucidée par l'anatomie comparée des voies métaboliques. Planet-Vie 2017. http://planet-vie.ens.fr/article/2453/evolution-hormones-steroides-vertebres-elucidee-anatomie-comparee-voies-metaboliques
- Bange C., Barale, G., Bonneton F., Guignard G., Prat D., Reymond, M., Thiébaut M., Vialette A. Explorer et classer. Hommes et Plantes, 2007, 63 : 4-7.
- Bonneton F. Comment les ailes sont venues aux insectes. La Recherche, 2005, L’histoire de la vie, Hors-série Mai-Juillet, 19 : 64-66.
Informations complémentaires
ENCADREMENT SCIENTIFIQUE
- Doctorat :
- 2016-2020 : Augustin Le Bouquin, cotutelle ENS de Lyon/Université de Toronto (Canada). (co-signature de 1 publication). Biostatisticien.
- 2015-2019 : Aidamalia Vargas-Lowman à l’ENS de Lyon (co-signature de 2 publications). Chercheuse Université Panama.
- 2010-2014 : Ling Li, cotutelle ENS de Lyon/ECNU de Shanghaï (Chine), à l’ENS de Lyon (co-signature de 2 publications). Ingénieure Université Lyon 2.
- 2008-2011 : Gabriel Markov, à l’ENS de Lyon (co-signature de 2 publications). CR CNRS Roscoff.
- 2001-2005 : Thomas Iwema, collaborateur durant son doctorat à Strasbourg (co-signature de 3 publications). Responsable Médical Régional AstraZeneca.
- 1995-1997 : Philip Shaw, doctorant, à l'Université de Leicester (RU) (co-signature de 2 publications). Chercheur Thaïlande.
- Membre de comité de thèse:
- Augustin Le Bouquin (2016-2020), IGFL, ENS de Lyon
- Aidamalia Vargas-Lowman (2015-2019), IGFL, ENS de Lyon
- Duarte Gouveia (2014-2017), IRSTEA Lyon. Chef d’équipe Evotec.
- Guillaume Jubeaux (2008-2012), IRSTEA Lyon. Président CTO Biomae.
- Rapporteur projets/jury de concours:
- 2022/05 : Maître de conférences (CNU 65), Université d’Orléans
- 2019/02 : Projet post-doctoral European Science Foundation (ESF) pour la Research Foundation Flanders (FWO, Belgique)
- 2017 : Allocations doctorales de l’École doctorale Biologie Moléculaire Intégrative et Cellulaire (BMIC), Lyon
- 2016 : CR2 IRSTEA, Centre Lyon-Villeurbanne
- 2010 : ATER, ENS Lyon
- 2007 : Maître de conférences (CNU 64,65,68), Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris
- Rapporteur de 28 manuscrits pour 19 journaux
ENSEIGNEMENT
MAÎTRE DE CONFÉRENCES : depuis 1997 à l'Université Lyon 1
- Etablissement : Lyon 1 (80%) et ENS Lyon (18%) (autres : Lyon 2, Paris 11, Grenoble)
- Enseignements: Cours Magistraux (20%), Travaux Dirigés (40%), Travaux Pratiques (40%)
- Disciplines: Biologie du développement, Génétique, Biologie moléculaire, Évodévo, Recherche bibliographique.
- Niveaux : L1, L2, L3, M1, M2
- Etudiants : ≈ 900/an
Responsabilités :
- Responsable des deux UE de L1 Génétique 1 du Parcours Aménagé (« Oui-si ») (depuis 2019)
- Membre de la commission d'admission ParcoursSup de Lyon 1 (2019-2021)
- Rapport sur le profil des étudiants de Génétique L1 2013-2016 avec l’Observatoire de la Vie Étudiante (OVE) de Lyon 1 (2018-2019).
- Porteur du projet de rénovation pédagogique de l’UE de L1 Génétique 1 (2009-2012) 202h attribuées pour l’équipe.
- Cocréateur du Stage TP (80h) Licence L3 ENS Génétique drosophile (2008-2009)
- Responsable de l’UE L2 SVT Biologie du développement et génétique des populations (2008-2013)
- Stage TP (80h) Magistère M1 Génétique développement drosophile (1997-2003)
- TP M1 SVT Biologie du développement précoce (1999-2002)
- Président de jury de BAC section S: St-Exupéry, Lyon (2012), Edgar Quinet, Bourg-en -Bresse (2002)
MONITORAT/ATER : 1991-1994 à l'Université Paris XI Orsay.
- Charges: Moniteur (96h TP), ATER mitemps (144 h TP)
- Enseignements: Travaux Pratiques
- Disciplines: Biologie du développement, Evolution des vertébrés
- Niveaux : L2, M1
VULGARISATION
Responsable de plusieurs cycle de conférences à l'Université Ouverte Lyon I
Manifestations publiques: fête de la science, Déclics, la nuit des chercheurs, cafés scientifiques
Expositions:
2009 « Evolution…Révolution » (année Darwin), Jardin Botanique de Lyon, octobre 2009-janvier 2010 (37.000 visiteurs)
2007 « Explorer et classer : la quête scientifique » (tricentenaire Buffon-Linné), Jardin botanique de Lyon, oct. 2007-janv. 2008 (35.000 visiteurs)
Interviews:
- Pour se reproduire il faut bien manger (Markov et al., Science Advances 2017). Journal télévisé de Télé Lyon Métropole, avril 2017. https://www.youtube.com/watch?v=zCj_izE8KTM
- L’évolution, dossier sur la sélection naturelle. L’internaute Magazine, novembre 2005. http://www.linternaute.com/science/biologie/interviews/05/interview-selection.shtml
Expertise et conseil scientifique en évolution, génétique et biologie du développement: associations, journalistes, lycéens, étudiants